O Monitoramento da Qualidade da Água da Lagoa Rodrigo de Freitas (LRF) e dos canais e rios a ela ligados é realizado pela Secretaria Municipal de Meio Ambiente e Clima (SMAC) da Prefeitura da Cidade do Rio de Janeiro, com o objetivo de acompanhar as alterações físicas, químicas e biológicas que ocorrem em função de fenômenos naturais ou da atividade antrópica, que podem comprometer a qualidade da água e, por consequência, colocar em risco à saúde do ecossistema local, além de prejudicar a prática esportiva de contato secundário. O Programa está amparado pelo Decreto Municipal nº 42.675/2016, que institui o Plano Municipal de Contingência da Lagoa Rodrigo de Freitas. Esse instrumento estabelece diretrizes para que os órgãos responsáveis pela gestão da LRF adotem ações preventivas e protocolos de emergência em situações que possam comprometer a qualidade ambiental, a biota aquática e a rotina da cidade. A Gestão Ambiental do Sistema da Lagoa Rodrigo de Freitas é composta pela SMAC, Fundação Rio-Águas, COMLURB, GM, COR e SECONSERVA, além de outras instituições públicas ou privadas, como o INEA, a CEDAE e a Águas do Rio, entre outros.